的技术,能不能对细菌这样的微生物进行基因测序

2024-05-19 14:16

1. 的技术,能不能对细菌这样的微生物进行基因测序

能不能对细菌这样的微生物进行基因测序
基因组DNA测序文库构建
1. 对收到的DNA样品进行检测,取2-3ul样品,用1%的琼脂糖胶检测,对于纯度不够(含RNA或蛋白)的DNA样品需要柱纯化后重新检测。

对于细菌基因组需要扩增16S全长序列,进行验证。
对于噬菌体或者质粒样品,若用16S全长引物扩增,无目的条带则无细菌基因组污染,若出现目的条带则存在污染,需要去除后建库。
2. 用Qubit检测DNA样品浓度。
3. 吸取部分DNA样品,用TE或Elution Buffer稀释,终浓度在10ng/ul-30ng/ul之间,体积为130ul。用Covaris破碎,破碎时请根据需要片段大小,按标准操作流程操作。

4. 样品足够多的情况下,可以取适量破碎后的产物进行PAGE
胶或者琼脂糖胶检测。

5. 对破碎后的产物进行柱式法(5倍体积的B3+100-200ul异丙醇)浓缩回收,加入50-100ul TE或Elution Buffer洗脱。回收产物用Qubit测值。
6. 修平和磷酸化

的技术,能不能对细菌这样的微生物进行基因测序

2. 一个真菌进行全基因组测序后能做什么后续工作

基于第二代高通量测序技术,对于有参考序列的物种,针对不同的真菌菌株,可通过全基因组重测序的方法获得全基因组范围内完整的变异信息,讨论群体的遗传结构、影响群体遗传平衡的因素以及物种形成的机制,定位重要性状位点,为后续分子育种打下坚实基础。同时,通过全基因组大样本重测序对真菌重要菌株进行全基因组的基因型鉴定,并与关注的表型数据进行全基因组关联分析(GWAS),找出与关注表型相关的SNP位点,定位性状相关基因。随着测序成本降低和拥有参考基因组序列的物种增多,基因组重测序也成为育种研究中迅速有效的方法之一,在全基因组水平扫描并检测出与重要性状相关的变异位点,具有重大的科研价值和产业价值。
近日,Nature Genetics发表的一篇文章就充分利用了微生物基因组测序与以全基因组重测序为基础的全基因组关联分析结合的方法,揭示了裂殖酵母遗传与表型多样性之间的联系。研究者选取裂殖酵母Schizosaccharomyces pombe作为研究对象,在全球20个国家范围内收集了时间跨度为100年的161个野生株系的S.Pombe,进行了全基因组测序,推测裂殖酵母在公元前340年开始广泛大量出现,祖先种到达美洲的时间为公园1623年。后续研究者又选取223个菌种进行全基因组关联分析,发现至少89个性状表现出一个关联。每个性状最显著的检测到的变异可以解释平均22%的表型差异,且indel的影响比SNP更大。

3. 如何检测一个新病毒的基因组和致

如何检测一个新病毒的基因组
基因(遗传因子)是具有遗传效应的DNA片段(部分病毒如烟草花叶病毒、HIV的遗传物质是RNA)。基因支持着生命的基本构造和性能。储存着生命的种族、血型、孕育、生长、凋亡等过程的全部信息。环境和遗传的互相依赖,演绎着生命的繁衍、细胞分裂和蛋白质合成等重要生理过程。生物体的生、长、衰、病、老、死等一切生命现象都与基因有关。它也是决定生命健康的内在因素。因此,基因具有双重属性:物质性(存在方式)和信息性(根本属性)。
先要把基因组提取出来,然后把基因组做模板,对那个基因进行RT-PCR,如果所研究的某一基因的所有拷贝数都包含在基因组内的话,那么就可以确定原始的拷贝数,当然需要制作一个标准曲线的,(可以把那段基因当做定量的工具,先要准确定量好,浓度大一点的,就是说先定量一个ng级以上的标准模板,可以用紫外分光光度计或是nanodrop等仪器能够检测出的,然后梯度稀释,这样先制作成一个标准的曲线)这样可以根据RT-PCR的扩增Ct值代入到标准曲线里去求出拷贝数,当然模板要全部包含在基因组内。不知道我说的对不对,也就是你所说的实际上就是检测模板的浓度。

如何检测一个新病毒的基因组和致

4. 如何查到已完整或部分得到基因测序的生物及对其基因的

如何查到已完整或部分得到基因测序的生物及对其基因的
基因测序是对目标DNA进行碱基的序列测定,并进行各种相关分析。是现代生物学的重要手段之一,同时也是生物学迅猛发展的重要动力。它推动了生物学的发展,它促使生物学从DNA水平上进行各种研究。
基因(Gene,Mendelian factor)是指携带有遗传信息的DNA或RNA序列,也称为遗传因子,是控制性状的基本遗传单位。基因通过指导蛋白质的合成来表达自己所携带的遗传信息,从而控制生物个体的性状表现。基因有控制遗传性状和活性调节的功能。基因通过复制把遗传信息传递给下一代,并通过控制酶的合成来控制代谢过程,从而控制生物的个体性状表现。基因还可以通过控制结构蛋白的成分,直接控制生物性状。因此对生物从分子生物学水平上进行研究,在医学上对某种遗传疾病的研究等都离不开对DNA或RNA的序列进行测定。基因测序也成为生物学研究的重要手段。
在基础生物学研究中,和在众多的应用领域,如诊断,生物技术,法医生物学,生物系统学中,DNA序列知识已成为不可缺少的知识。具有现代的DNA测序技术的快速测序速度已经有助于达到测序完整的DNA序列,或多种类型的基因组测序和生命物种,包括人类基因组和其他许多动物,植物和微生物物种的完整DNA序列。RNA测序则通常将RNA提取后,反转录为DNA后使用DNA测序的方法进行测序。应用最广泛的是由弗雷德里克·桑格发明的Sanger双脱氧链终止法(Chain Termination Method)。新的测序方法,例如454生物科学的方法和焦磷酸测序法。

5. 基因检测是基因测序吗?和基因解码什么关系吗?

基因测序是测出DNA上的碱基是A,C,G,T中的哪一个;而基因检测是通过杂交或测序等方法来确定DNA序列中是否含有特定的一段序列,来明确相关的基因某些功能.比如耳聋基因检测就是用芯片来检测一个正常人是否携带隐性先天性耳聋基因或者药敏性耳聋基因.
测序只是得到DNA的序列,而检测是最终要跟功能建立联系.
佳学基因的基因解码=基因检测+专业解读+个性化指导,对我们的指导意义很大

基因检测是基因测序吗?和基因解码什么关系吗?

6. 如何查询一个细菌基因组编码的全部rna

如何查询一个细菌基因组编码的全部rna
A、超级细菌含有DNA和RNA,遗传物质是DNA,A错误;
B.δ基因编码ω酰胺酶的合成,ω酰胺酶能够分解抗生素,因而使许多抗菌药物失活,B正确;
C.变异是不定向的,而自然选择是定向的,用抗生素是一种定向的自然选择,错误;
D.细菌是原核生物,其细胞结构中无染色体,因此不会产生染色体变异,D错误.

7. 什么是基因检测?,基因测序能测出什么?

1.基因是遗传变异的主要物质。
 
 2.支配着生命的基本构造和性能。
 
 3.储存着生命孕育、生长、凋亡过程的全部信息,通过复制、转录、表达,完成生命繁衍、细胞分裂和蛋白质合成等重要生理过程。
 
 4.生物体的生、长、病、老、死等一切生命现象都和基因有关。
 
 5.基因(Gene,Mendelianfactor):是遗传变异主要物质。
 
 6.基因支持着生命的基本构造和性能。
 
 7.储存着种族、血型、性状、发育、凋亡等全部信息。
 
 8.生物体的生、老、病、死等一切的生命现象都和基因有关。
 
 9.它是决定生命健康的内在因素。
 
 10.因此,基因具有双重属性,即物质性和信息性。
 
 11.现代遗传学认为,基因是DNA分子上具有遗传效应的特定核苷酸序列的总称,是具有遗传效应的DNA分子片段。
 
 12.基因位于染色体上,并在染色体上呈线性排列。
 
 13.基因不仅可以通过复制把遗传信息传递给下一代,还可以使遗传信息得到表达,也就是使遗传信息以一定的方式反映到蛋白质的分子结构上,从而使后代表现出和亲代相似的性状。
 
 14.一个基因要有正常的生理机能,它的几个正常组成部分一定要位于相继邻接的位置上,也就是说核苷酸要排成一定的次序,才能决定一种蛋白质的分子结构。
 
 15.假使几个正常组成部分分处于两个染色体上,理论上就是核苷酸的种类和排列改变了,这样就失去正常的生理机能。
 
 16.所以,基因不仅是一个遗传物质在上下代之间传递的基本单位,也是一个功能上的独立单位。

什么是基因检测?,基因测序能测出什么?

8. 病原微生物基因检测和其他检测有什么不同?

病原微生物检测方法包括:
传统金标准:特殊染色镜检,培养药敏试验等确定病原菌和耐药基因
免疫学方法:酶联免疫技术通过已知的抗体或抗原来检测病原体的抗原或抗体
PCR检测:用已知引物引导未知片段中微量待测基因片段扩增
基因芯片:通过微加工将百万计的基因探针与核酸杂交检测技术
核酸杂交:探针和核酸按碱基互补配对原则缔成异质双链检测


宏基因组:从样品中提取总核酸,构建宏基因组文库测序分析检测
病原微生物宏基因检测法相比于其它方法:其利用宏基因组检测样本总核酸鉴定微生物的种类,检测范围更广,一次性可分析10635种微生物,包括RNA病毒,速度快48小时能完成交付,检测样本灵活,
重点:
1、可检出新发病原,解决想不到,
2、可检也罕见病原,解决没想到,
3、可检出低频率突变,解决做不到,
达瑞基因【摘要】
病原微生物基因检测和其他检测有什么不同?【提问】
病原微生物检测方法包括:
传统金标准:特殊染色镜检,培养药敏试验等确定病原菌和耐药基因
免疫学方法:酶联免疫技术通过已知的抗体或抗原来检测病原体的抗原或抗体
PCR检测:用已知引物引导未知片段中微量待测基因片段扩增
基因芯片:通过微加工将百万计的基因探针与核酸杂交检测技术
核酸杂交:探针和核酸按碱基互补配对原则缔成异质双链检测


宏基因组:从样品中提取总核酸,构建宏基因组文库测序分析检测
病原微生物宏基因检测法相比于其它方法:其利用宏基因组检测样本总核酸鉴定微生物的种类,检测范围更广,一次性可分析10635种微生物,包括RNA病毒,速度快48小时能完成交付,检测样本灵活,
重点:
1、可检出新发病原,解决想不到,
2、可检也罕见病原,解决没想到,
3、可检出低频率突变,解决做不到,
达瑞基因【回答】
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